مرنجاب، در شمال شهرستان آران و بیدگل از توابع کاشان در استان اصفهان، واقع شده است. فاصله آن با شهر آران و بیدگل، حدود 40 کیلومتر است. ارتفاع آن از آبهای آزاد، 850 متر است. در شمال این کویر، دریاچه آران قرار دارد. همچنین در شرق به پارک ملی کویر و کویر بند ریگ میرسد. کویر مسیله و دریاچههای نمک حوض سلطان و حوض مره در همسایگی غربی کویر مرنجاب قرار دارند. به تعبیری، مرنجاب از کویرهایی است که در مرکز ایران قرار گرفته است.